Investigadores do IDIS Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-COV-2 e a súa distribución xeoespacial

Investigadores do IDIS Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-COV-2 e a súa distribución xeoespacial
Investigadores do IDIS Crean unha ferramenta bioinformática para analizar as variantes xenéticas do SARS-COV-2 e a súa distribución xeoespacial

Os investigadores do IDIS Antonio Salas e Federico Martinón acaban de publicar en ‘Environmental  Research’, os detalles da plataforma de análise CovidPhy que permite coñecer os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos froito de grandes eventos de supercontaxio

A plataforma de análise CovidPhy facilita a investigadores e unidades hospitalarias que producen secuencias do coronavirus de pacientes con COVID-19, poder aliñalas co xenoma de referencia do SARS-CoV-2 e coñecer as mutacións xenéticas que existen neses xenomas “e que poderían ter máis ou menos implicacións na práctica clínica”. Así a definen os seus creadores, os investigadores do IDIS (Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela), Antonio Salas e Federico Martinón. Trátase dunha ferramenta para a análise filoxeográfica da variabilidade xenética do SARS-CoV-2 que permite facer distintos tipos de análises. Os detalles desta plataforma acaban de ver a luz na revista Environmental  Research

Unha vez aliñadas, esta ferramenta bioinformática clasifica automaticamente as secuencias nas variantes do virus coñecidas, incluída a tan popular clasificación de variantes alpha, beta, gamma, ou delta. “É unha ferramenta que xorde do esforzo que dende os inicios da pandemia levamos realizando no noso grupo de investigación para contribuír a entender a variabilidade e a dinámica do virus en todo o mundo, e de maneira máis específica, a nivel estatal”, explica Antonio Salas, tamén investigador do Instituto de Investigación Sanitaria de Santiago de Compostela (IDIS) de Santiago de Compostela, no que toma parte a USC.

CovidPhy permite tamén explorar a distribución xeoespacial de variantes do virus no mundo, así como coñecer cales son os xenomas que máis impacto tiveron nos gromos que foron xurdindo, froito de grandes eventos de  supercontaxio. Salas indica que “dende moi ao principio da pandemia démonos conta de que o verdadeiro catalizador eran os eventos de  supercontaxio e hoxe xa existe unha evidencia ben consolidada na literatura científica. A novidade é que CovidPhy recolle os eventos máis importantes e achega información sobre as súas características”.

Unha das características máis interesantes de  CovidPhy é a capacidade de buscar mutacións ou conxuntos de mutacións (técnicamente chamados haplotipos) nunha gran base de datos de xenomas de máis dun millón catrocentos mil virus secuenciados. “Este foi un reto computacional importante, porque se trata de que o usuario poida facer estas procuras e obter resultados en cuestión de segundos e non minutos”, indica Salas.

Pola súa parte, Federico  Martinón, xefe do Servizo de Pediatría do Hospital Clínico de Santiago, subliña que “CovidPhy representa unha nova cara visible dos nosos esforzos por contribuír a entender mellor esta pandemia. É unha ferramenta que axudará a moitos laboratorios e investigadores de todo o mundo a analizar os seus resultados de  secuenciación do virus e interpretalos. É útil non só na investigación básica senón tamén na práctica clínica.”

CovidPhy foi deseñada para poder escalar a outras necesidades que poidan xurdir en relación cos laboratorios de análises dos hospitais; así, Salas indica que “o máis difícil xa está feito, a partir do código de programación que subxace en CovidPhy poderiamos facilmente adaptalo á contorna cambiante ao que nos ten afeitos este virus, e mesmo podería ser adaptado a outros patóxenos”.

Ademais de Salas e Martinón, os membros do grupo que formaron parte deste proxecto son Xabier Bello Paderne, programador informático; Jacobo Pardo Seco, matemático; e Alberto Gómez Carballa, biólogo e xenetista. O financiamento deste proxecto realízase a través da  Axencia de coñecemento en  Saúde (ACIS) e a Axencia  Galega de Innovación  GAIN-RESCATA da Xunta de Galicia e do programa Horizonte 2020 da Comisión Europea.

 

Comentarios